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BEUF Aurélien

Adresse du laboratoire d'accueil :

Laboratoire de Mécanique des Fluides et d'Acoustique - LMFA
Ecole Centrale de Lyon
36 avenue Guy-de-Collongue
69134 Ecully Cedex
FRANCE

Tél. : +33 (0)4 72 18 61 88 (Florence Raynal)
Fax : +33 (0)4 78 64 71 45


In november 2008, I presented my PhD realized under the supervision of Florence Raynal and Philippe Carrière at the LMFA, near Lyon (France). My research dealt with the problems of chaotic mixing in the microfluidic scale. The goal was to improve reliability and time of response of DNA chips technology devices. My work relied for a large part on numerical simulations, but also experimental researchs at the University of Sherbrooke, Québec, Canada.

Manuscrit de thèse : Optimisation de l'hybridation des puces à ADN grâce au mélange par advection chaotique.
PhD report : Optimization of DNA chip hybridization using mixing with chaotic advection.
Résumé de la Thèse :

La détection de séquences génétiques par la technologie des puces à ADN se heurte à des problèmes de fiabilité et de reproductibilité, dus en grande partie à des problèmes de mélange. Dans toute cette thèse, nous montrons à quel point le mélange par advection chaotique améliore les performances de ces puces. Pour cela nous comparons, par une étude principalement numérique, l'efficacité de deux protocoles de mélange basés sur le principe d'injection alternée et périodique de fluide (modèle puits/sources) : l'un utilise des seringues réversibles, l'autre des pompes recyclant le fluide extrait, conduisant globalement à un mélange bien plus efficace et rapide. En outre, nous mettons en évidence le rôle important de la géométrie de la chambre. Dans un second temps, nous introduisons un modèle de capture chimique entre les monobrins d'ADN libres en volume (cibles) et ceux fixés sur la puce (sondes). Nous montrons alors numériquement que la réaction est généralement grandement limitée par la diffusion, mais que l'advection chaotique améliore les choses de manière très significative grâce au mélange. Ceci nous permet d'estimer les constantes de vitesses dans le cas statique (où la diffusion agit seule) et le cas dynamique (avec mélangeur). Enfin, profitant de l'opportunité d'un stage à l'Université de Sherbrooke, j'ai effectué un premier suivi en temps réel par SPR d'une cinétique de type "cibles en solution/sondes sur support" pour tenter de comparer les vitesses d'hybridation statique et dynamique.


PhD summary :

Detection of genetic sequences using DNA chips technology faces problems of reliability and reproducibility, largely due to problems of mixing. Throughout this thesis, we show how mixing by chaotic advection improves the performances of these chips. To achieve this we compare, mainly by numerical experiments, the efficiency of two protocols of mixing based on the principle of alterned and time-periodic flow (sink/source model) : the first one uses reversible syringes, the second one uses pumps which recycle the extracted fluid, leading to a much faster and more efficient mixing. Moreover, we highlight the very important role of the geometry of the chamber. In a second step, we introduce a model of chemical capture between DNA monostrands available in volume (targets) and those fixed the chip surface (probes). We then numerically show that hybridization reaction is generally mostly limited by diffusion, but that a good mixing can improve its speed and reliability. This also allows to estimate the chemical rates of reaction in the static case (with mixer). Finally, I seized the opportunity of a partnership with the University of Sherbrooke to perform a first real-time monitoring by SPR of a reaction of the type "targets in solution/fixed probes", so as to compare static and dynamic rates of reaction.



Cas de mauvais mélange
(lent et hétérogène)
Cas de bon mélange
(rapide et homogène)
Publications :
  • Numerical modeling of DNA-chip hybridization with chaotic advection,
    F. Raynal, A. Beuf, Ph. Carrière,
    Biomicrofluidics, (7) 034107 (2013)
    [online]  [bib]  [pdf]

  • Chaotic mixing efficiency in different geometries of Hele-Shaw cells used as DNA hybridization chambers,
    A. Beuf, J.-N. Gence, Ph. Carrière, F. Raynal
    Int. J. Heat and Mass Transfer, (53) 684-693 (2010).
    [online]  [bib]  [pdf]

  • Comment mélanger en écoulement laminaire ?
    A. Beuf, F. Raynal
    Bulletin de l'Union des Physiciens, (103) 1069-1079, décembre 2009.
    [online]  [bib]  [pdf]

  • Towards better DNA chip hybridization using chaotic advection,
    F. Raynal, A. Beuf, F. Plaza, J .Scott, Ph. Carrière, M. Cabréra, J.-P. Cloarec, É. Souteyrand
    Phys. Fluids, 19 (1), 017112 (2007).
    [online]  [bib]  [pdf]
    Selected for the February 1, 2007 issue of the Virtual Journal of Biological Physics Research

  • Optimisation du protocole de mélange et de la géométrie d'une chambre d'hybridation de puces à ADN,
    A. Beuf, F. Raynal, J.-N. Gence et Ph. Carrière,
    Houille Blanche-Revue Internationale de l'eau (6) 39-44 (2007).
    [Online]  [bib]  [pdf]

  • Micromélangeur à advection chaotique pour l'hybridation des puces à ADN,
    F. Raynal, F. Plaza, A. Beuf, Ph. Carrière, É. Souteyrand, J.-R. Martin, J.-P. Cloarec, M. Cabréra
    Houille Blanche-Revue Internationale de l'eau (2) 78-82 (2006).
    [online]  [bib]  [pdf]

  • Study of a chaotic mixing system for DNA chip hybridization,
    F. Raynal, F. Plaza, A. Beuf, Ph. Carrière, É. Souteyrand, J.-R. Martin, J.-P. Cloarec, M. Cabréra
    Phys. Fluids, 16 (9), L63-L66 (2004).
    [online]  [bib]  [pdf]
    Selected for the August 1, 2004 issue of the Virtual Journal of Biological Physics Research
Conférences & Présentations :
  • Congrès SHF Microfluidique 2008, Bologne, Italie, Décembre 2008.

  • MicroTAS, Paris, Octobre 2007.

  • Journées du réseau microfluidique, Paris, Mai 2007.

  • Congrès SHF Microfluidique 2006, Toulouse, Décembre 2006.
    Présentation orale

  • Journées de la matière condensée, Toulouse, Septembre 2006.
    Poster

  • European Fluid Mechanics Congress, Stockholm, Suède, June 2006.
    Présentation orale

  • Congrès Français de Mécanique, Troyes, Septembre 2005.
    Présentation orale

  • Congrès SHF Microfluidique 2004, Toulouse, Septembre 2004.

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